一九二八年春,党决定调李耘生去南京市委工作。不久,李耘生化名李立章来到南京。这里的白色恐怖也很严重,他的组织关系一时没能接上,只好一面通过南京的一位亲戚在《时事新报》社谋得一名记者的职业,一面继续寻找党组织。四月三十日,李耘生被叛徒王某告密,不幸被捕。叛徒指控李耘生是中学时代的“赤色分子”。就因这个“罪名”,他被国民党江苏特种刑事庭判处十个月徒刑,监禁在南京老虎桥江苏第一模范监狱①。
为开辟党的工作,李耘生又机智巧妙地利用党员肖静庵(后脱党) 在南京下浮桥国民党政府中央试验所内工作的关系,建立起党的交通站。当时,上级党的文件多在公开刊物《光明之路》上密写,由上海寄到南京的中央试验所,再由肖静庵转交李耘生。交通站的建立,保证了南京市委与上级的经常联系。