当时的日本吸引了大量的中国优秀青年,然而在留学生当中,还很少见到女性的身影。在日本,秋瑾结识了革命领袖孙中山和黄兴。她的绍兴同乡周树人此时也在日本。在此期间她的表兄徐锡麟也来到日本。秀才出身的徐锡麟性情刚烈,自幼喜欢习武,是秋瑾志同道合的挚友。在此后几年里,兄妹俩的命运被共同革命激情联系在一起。在东京,秋瑾几乎参加了所有的进步组织。推翻清王朝成为她的理想。
1904年冬天,秋瑾回到上海与同伴一起四处筹款,创办《中国女报》传播妇女解放和男女平等的思想。尽管刊物因经费短缺只出了两期。但给许多女性留下了深刻的印象,她创作的女权歌曾在女学生中广为传唱。
吾辈爱自由，勉励自由一杯酒。
男女平权天赋就，岂甘居牛后？
愿奋然自拔，一洗从前羞耻垢。
愿安作同俦，恢复江山劳素手。
旧习最堪羞，女子竟同牛马偶。
曙光新放文明侯，独去占头筹。
愿奴隶根除，智识学问历练就。
责任上肩头，国民女杰期无负。
这一年冬天,一群浙江人聚集在上海发起成立了反清革命组织光复会。已经回到家乡绍兴的秋瑾在徐锡麟的介绍下结识了光复会的发起人蔡元培和陶成章,成为光复会成员。这一年日俄两国在东北发起战争,慈禧太后却只顾庆祝70岁的生日。光复会决定抓住时机, 发动起义。