在南京，李耘生的公开身分是南京贫儿教养院的历史教员。他利用讲坛穿插着讲一些革命道理，对学生进行启发诱导，同时，主动接近院内一些有爱国思想的教师、学生，同他们议论时事，叙说人生观。虽然院内教职员工中有反动派的亲信，但李耘生仍通过不断的培养教育，发展了五名学生、两名教师入党，并建立了地下党支部。