光绪十一年（1885年），陈宝琛应台湾巡抚刘铭传之邀赴台。陈宝琛返回福建后，修葺先祖的赐书楼，并且修建沧趣楼。自此，他闭门读书、赋诗、写字。光绪二十五年（1899年），陈宝琛任鳌峰书院山长，以大量培养人才，推广教育为目标，曾倡导设立东文学堂、师范学堂、政法学堂、商业学堂。主持高等学堂的时候，陈宝琛派遣法、政、商、工、农等科的学生前去日本留学。