1946年，工学研究所和化学所一同迁回上海，大部分人员返沪，唯冶金部分留在昆明。直到上海解放，周仁一直负责上海、昆明两地的工作。上海解放前夕，南京国民政府教育总长多次授意周仁去台湾，但他不忍心离开自己亲手经营的工学研究所，拒不赴台。 中华人民共和国成立前夕，1949年7月周仁应邀去北平商议成立中国科学院。中国科学院成立后，工学研究所改为中国科学院工学实验馆，周仁任馆长、研究员。