1934年,朱祖祥毕业于效实中学,当时宁波旅沪同乡会中有识之士为在宁波筹建“四明大学”,募集钜资,设立“四明大学奖学金”,以资助有志于教育事业而又品学兼优的青年,加以培养,作为将来建校的师资储备。朱祖祥以名列浙大农学院录取新生榜首而被授予该项奖学金全额,每年得360-400银元。入学后,他学习成绩一贯优异,因而年年都获得奖学金资助。抗日战争爆发,浙江大学开始西迁,奖学金因无财源而中断,幸由学校组织学生抄写、刻印讲义,推销浙江大学学报等勤工俭学,加上他个人还有连年奖学金的节存余款,可以用来补贴维持生活,直至读完大学。1938年夏,他获农学士学位,并留母校任助教。

1944年冬,朱祖祥经浙江大学农学院推荐,中华农学会选拔和教育部组织考试,以优异成绩被选送美国密执安州立大学研究生院深造。他主修土壤化学,副修先为植物生理学,后转表面化学。整个留学期间,他未享受寒暑假,一年四个学期都注册上学,并选学尽可能多的课程,还利用一切机会在试验场的农业化学室做分析工作。他选修并完成的学分总数,超过博士学位定额30多个,其成绩除第一年因入学迟有两个学分的选修课为B外,其余均为A。留学期间,他还担任过密执安大学中国同学会会长,参加不少社会活动。他仅用3年时间胜利地完成了两篇学位论文,荣获硕士和博士两个学位。朱祖祥学成回国前,其系主任和导师特致函浙大,高度评价了朱祖祥的学业水平和科研成就,并赞扬他在该校土壤系研究生中享有的声誉。同时,国内的北京大学、浙江大学、贵州大学的农学院都有聘他任教之约,但他决定回归母校。浙江大学师资聘任委员会原拟按资历聘任朱祖祥为副教授,聘委会领导援引了密执安大学的荐函,经改议聘他为农学院教授。这时,他刚过而立之年。


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