在“十年动乱”中， 杨遵仪教授被批判为“反动学术权威”，关进了“牛棚”，但他自觉无大过，心里很坦然，始终保持乐观的态度。学生们都知道他很有学问，非常欢迎他一同到安徽贵池地质队参加对口劳动，又到湖北江陵和江西909地质队参加教学实践。这时他虽然还在接受批判，但一有空他就学习英、德、法3种文字的毛泽东着作，他坚信语言工具今后还会有用处。事实也正是如此，1971—1972年，就有人找到江陵去请他审查中国学者赴尼泊尔、苏丹等地考察石油的报告译稿；1973年，师生返回北京组织起来搞科研，他顶着“反动学术权威”的“帽子”，跑遍北京几个大图书馆，查阅了多年不见的各种外文期刊，分别向地质学院的教师和地质科学院的研究人员系统地介绍了这些年国外地层古生物研究的最新成果和动向。还充当外语教员，给本院的中青年教师开办了英语班和法语班，为动乱结束后的研究工作迅速缩小因动乱而同国外拉开的差距创造了条件。
北京地质学院迁校期间，教学科研工作长期难以正常进行，杨先生便主动去中国地质科学院帮助工作。自1972年8月至1978年秋整整6个年头，年逾花甲的杨遵仪每周3天挤公共汽车到地质科学院上班，协助著名地层古生物学家许杰主持编辑《地层古生物论文集》，指导中青年工作。每天，只要他一到，来问问题的、请求帮助修改文稿的、请求帮助审阅译稿的人就接踵而至。不管工作多忙，他总是有求必应，从未表示过厌烦。一时解答不了的，便带回学校翻资料、看实物，然后及时将答案告诉求教之人。他记不清曾经帮助过多少同行修改过文稿、解答过问题，他只想着要赶紧把自己的知识传给年轻的同行们，让大批新人迅速成长起来。