1894年甲午中日战争爆发，随舰队北援。坐舰被日舰击沉，黎投海遇救，即得清廷官吏之青睐始为鲁抚送南洋侯差，为两江总督张之洞派充自强军翻译并监修南京狮子山炮台，炮台建成后兼任教官。张之洞调任湖广总督，又调黎充湖北护军马队营帮带，遂派往日本见习。

1898年至1901年曾3次赴日本考察军事。

1904年，任护军前锋一、二、三、四营督带。次年12月，湖北常备军改编为两镇，黎任第二镇第三协统领官兼护该镇统制官，后随镇改编。

1906年任陆军暂编第二十一混成协协统领，兼管马炮、工、辎各队事务。率部参加彰德新军秋操。

1909年以军界代表身份参加“湖北铁路协会”。

1911年，武昌起义爆发，黎被革命党人强迫推举为湖北都督。汉口、汉阳光复，各国领事宣布“中立”，才宣告就职。

1912年1月，中华民国临时政府在南京成立，黎元洪被选为副总统兼领鄂督。2月，南北和议告成，与孙武、刘成禺、张伯烈等组织“民社”，任理事长，鼓动武昌和南京分裂；附和袁世凯定都北京；镇压“群英会”；为排除异己，将原8个师的军队改编为3个师。8月16日与袁世凯合谋，诱杀湖北军政府军务部副部长张振武和湖北将校团团长方维。

1913年袁世凯扑灭“二次革命”。10月6日袁世凯任中华民国正式大总统，黎元洪为正式副总统兼鄂督。但袁对黎元洪在鄂视为心腹之患。12月派段祺瑞到鄂，以“磋商要政”为词，迫黎元洪赴京。被安置在瀛台，与之结为儿女姻亲以控制之。1915年袁世凯帝制自为，黎迁居东厂胡同，闭门谢客。12月15日，袁册封黎元洪为武义亲王。黎元洪坚辞不就。