台湾清华大学杨儒宾教授则从理学的分系来讨论方以智的思想。通常，在程朱、陆王之外，理学的第三系一般被认为是五峰——蕺山系或是气学一系，杨教授认为这些说法都有可商榷之处，他提出本体论或道体论的气学作为独立的一系，将方以智的思想放在这个脉络中进行理解。