当然，实证主义方法论也有其局限性，我们不能因为胡适在这样方法论的指导下取得了很大成就，就认为它是万能的方法论，也不能因为这种方法论至今仍有很多的优点，就去掩盖它的不足。胡适方法论的局限性和他的哲学基础有关，实证主义是与形而上学及非理性主义不相融的，故他的方法论不适合单独对本体、思辨、直觉、情感、思维等领域的研究，这点早在二十年代的科玄论战中，玄学派出所 已经指出。胡适的方法论主要是以近代自然科学成果为理论依据，他所坚持的普适性和统摄性早已不得复存在，其论证方法基本上运用以归纳演绎为主的形式逻辑，而对强调公理的现代逻辑则未予重视。因而他的方法论基本上停在定性分析阶段，缺乏程序的严密语言规范性，研究的结果由于受到研究者的主观因素对客观方法的干扰而不精确，不适宜需要定量和数理分析领域的研究。