哲宗元祐初（1086）范纯仁拜尚书右仆射兼中书侍郎，李之仪遂被任命为枢密院编修官。不久，又为原州（今属甘肃）通判。与苏轼，黄庭坚，秦观交往甚密。元祐末从苏轼于定州幕府，朝夕倡酬。元符二年（1099），上调监内香药库，御史石豫参劾他曾为苏轼幕僚，不可以任京官，被停职。