位居四辅臣之首的索尼是四朝元老，位望隆重，但已年老多病，畏事避祸，在很多事情上往往疏于过问。苏克萨哈属正白旗，原本依附多尔衮。多尔衮死后，朝局一变，苏克萨哈出来告发刚刚死去的多尔衮，因此受到顺治重用，在四辅臣中名列第二。正由于苏克萨哈是从多尔衮那边分化出来的，索尼等人都瞧不起他。鳌拜与苏克萨哈虽是姻亲，二人却常常因政见不合而发生争论，宛如仇敌。列名第三的遏必隆出自名门，但为人庸懦，遇事无主见，又属镶黄旗，常常附和鳌拜。鳌拜虽居四辅臣之末位，但由于资格老，军功高，常常气势夺人，却得以擅权自重，日益骄横，开始走上专权的道路。
费扬古之子倭赫是康熙身边的侍卫，在御前对鳌拜表现得不怎么礼貌，鳌拜对此深为衔恨。康熙三年(1664)四月，鳌拜遂以倭赫等人擅骑御马、取御用弓矢射鹿之罪名将其处死。费扬古对鳌拜痛恨不已，鳌拜又以“怨望”的罪名，将他及其子尼侃、萨哈连一并处死，家产籍没，给予都统穆里玛(鳌拜之弟)。费扬古一门惨遭家破人亡之祸。不过，鳌拜这次意图打击苏克萨哈的举动失算直接导致了自己的下台。
鳌拜没有想到却有三个不怕死的官员敢于违拗自己换地的要求。他对户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联三人极为恼怒，分别以苏纳海“藐视上命”、拨地迟误，朱昌祚、王登联“纷更妄奏”的罪名，俱论死罪。康熙虽然年幼，但心知苏纳海等三人并无大罪，只因惹怒了鳌拜而被妄加罪名而已，于是召集辅政四大臣询问意见。鳌拜坚持要将三人处以极刑，索尼、遏必隆附和，苏克萨哈知道自己若反对极易惹火烧身，只好沉默不语。但小皇帝不允鳌拜所奏，只是批准刑部拟定的处罚，即将三人各鞭一百，没收家产。鳌拜公然无所顾忌，最终竟矫旨将三人处死。然后，鳌拜强行换地。
康熙六年(1667)六月，索尼病死。索尼虽然在生前未能遏制鳌拜的势力，不过他临死前的一个动作却在其身后造成解决鳌拜问题的良好转机。这年，小皇帝玄烨已年满14岁。索尼上书请小皇帝遵循先帝顺治14岁亲政的先例，开始亲政。七月，康熙亲政，加恩辅臣，仍命佐理政务。皇帝已经亲政，却又无法应对鳌拜的威胁，苏克萨哈便上疏请求解除辅臣之任，愿往遵化守护顺治陵寝。这个举动别有意味，那就是既然苏克萨哈已经卸任(此时他已经排名第一)，那么鳌拜、遏必隆两人按理也应辞职。这一招触及到鳌拜的要害，可鳌拜却不想就这样退出政治舞台。于是鳌拜给苏克萨哈罗织了心怀奸诈、久蓄异志、欺藐幼主、不愿归政等24款罪名，提出应处凌迟、族诛之刑。康熙同样深知苏克萨哈并不该杀，虽然自己已经亲政，却仍然无力保全苏克萨哈一命。鳌拜气势汹汹，竟在御前“攘臂上前，强奏累日”，最终将苏克萨哈处以绞刑，并诛其族。苏克萨哈的被杀，使鳌拜与康熙之间的矛盾急剧上升。