1901年8月7日生，江蘇省常熟市人。
1910年，與錢昌照一起考入江陰南菁中學讀書。
1912年，錢昌祚與三個堂兄弟一起考入上海浦東中學。
1917年，浦東中學高中畢業後，考入清華學校。
1919年，由清華學校保送留學美國，入麻省理工學院機械系就讀。
1922年，在麻省理工學院機械工程系畢業後進讀航空工程研究班，成為被稱為“美國航空之父”的著名教授馮·卡門的得意門生。
1924年，獲碩士學位。同年回國後在浙江工業專門學校、清華大學任教。
1928年，開始從事航空方面的工作，任航空學校秘書兼編譯、教授、教育長。
1933年7月18日，任軍事委員會航空署技術處處長。
1934年4月1日，擔任中國航空工程學會會長。5月，任航空委員會技術處處長。
1936年3月，錢昌祚任航空機械學校校長。
1937年1月4日，續任空軍二等機械正。
1938年3月，任航空委員會技術廳副廳長、代理廳長。
1940年，任南川第二飛機製造廠廠長。
1941年6月，任雷允飛機製造廠監理。
1944年12月，任航空委員會參事。
1945年8月14日，獲頒四等雲麾勳章，10月10日獲頒忠勤勳章。
1946年5月5日，獲頒勝利勳章，6月5日任國防部第六廳廳長，8月14日獲頒三等寶鼎勳章，11月22日晉任空軍一等機械正，同月當選為制憲國民大會代表。
1947年4月，任國防部國防科學委員會委員。
1948年9月22日，晉任空軍機械監。
1949年，去台灣，歷任經濟部常務次長，經濟安定委員會秘書長，美援運用委員會委員，外匯貿易審議委員會副主任委員，中央信託局常務理事，台灣手工業中心董事長。
後來，錢昌祚舉家去美國，執教於加州大學。1988年6月5日病逝於美國南加州寓所。
人物軼事