1986年，在吴宇森导演的电影《英雄本色》饰演Mark，该片打破香港电影票房纪录，并开创了黑帮英雄片的电影潮流，小马哥也成为了影迷的偶像。周润发也拿到了首个香港金像奖最佳男主角奖。
1987年，凭借参演的影片《秋天的童话》获得台湾金马奖最佳男主角奖座，该片获当届金像奖最佳影片奖，年度票房排行第五名。同年，与导演林岭东合作的《龙虎风云》。林岭东凭借影片成为金像奖最佳导演；另一部与林岭东导演合作的作品《监狱风云》《监狱风云2逃犯》周润发在片中扮演钟天正，与梁家辉、张耀扬、何家驹、黄光亮合作，也提名最佳电影。
1988年的香港金像奖，周润发更是有《秋天的童话》、《龙虎风云》、《监狱风云》三部电影同时提名影帝，以三个各不相同的角色自相角逐，最后以《龙虎风云》中高秋一角胜出；美国电影协会也因此片授予他亚洲杰出演员奖，而这一年他的票房总成绩达一亿三千万港元。同年，与杜琪峰合作的《八星报喜》拿下全年票房冠军，周润发饰演一个摇头摆尾的娘娘腔形象。
1989年，《赌神》上映。《赌神》是周润发创造的另一个银幕角色。赌神高进一角，与《阿郎的故事》中的阿郎一起，成为周润发提名1990年香港金像奖最佳男主角奖的两部作品角色，金像奖上拿到了第三次获得金像奖最佳男主角奖。1989年，周润发同吴宇森一起，拍摄了电影《喋血双雄》。此片不仅是吴氏暴力美学的代表之作之一，更向欧美观众展现了周润发的银幕枪手形象。同年，参加黄沾、倪匡、蔡澜主持的《今夜不设防》，拿台湾导演侯孝贤的名作《童年往事》和自己的童年欣然对比。
1994年主演电影《赌神2》。同年与吴宇森合作的《辣手神探》被美国《娱乐周刊》评为“最有影响力的动作电影第9名”和“最佳cult电影第18名”。片中周润发的角色也被评为“最伟大的电影角色第33名”。
1998年，周润发好莱坞处女作《替身杀手》上映。同年，芝加哥市长将1月12日命名为“周润发纪念日”以表扬他对电影业的贡献获“卡地亚卓越成就奖”。
1999年，马来西亚传媒界评选二十世纪华语电视剧集100强，周润发作品入选9部，其中《上海滩》登榜首；同年，香港无线（TVB）千禧年台庆评选5部最难忘的电视节目《上海滩》第二（排第一是综艺节目《欢乐今宵》），同时，许文强、冯程程分别当选我最难忘的男主角、我最难忘的女主角。1999年上映的《再战边缘》，好莱坞奥利佛·斯通担当监制，但票房不见起色，周润发饰演的亦正亦邪的华人警官及电影中对于华人生活社区的描写，在当地华人中引起了争议。同年接下了二十世纪福克斯公司的A级文艺史诗电影《安娜与国王》，欲与朱迪福斯特上演一场在文化差异、王权和特殊身份背景下的世纪恋情。周润发饰演的角色是泰国国王蒙空。
2000年，凭借影片《卧虎藏龙》，在奥斯卡上获得十项提名，并获得四项大奖。周润发本人，也因大侠李慕白一角，再次获邀担任奥斯卡颁奖嘉宾，拿到了第二樽亚美影视奖最佳男主角奖座和法国杜维尔电影节的特别成就奖，同时登上《时代周刊》和《娱乐周刊》的封面人物。
2003年，获香港特区政府颁发银紫荆星章；同年，周润发奋斗经历入香港中学教材；同年参演影片《防弹武僧》上映。
2004年，香港大学民意调查“2004香港娱乐圈大民调”港人最受欢迎演员之首。