1996年，巩俐与陈凯歌、张国荣再次合作爱情电影《风月》，入围当年戛纳国际电影节的主竞赛单元。凭借《风月》中的反叛的大小姐如意一角，巩俐第二次提名了香港电影金像奖最佳女主角。同年巩俐登上美国《时代周刊》封面和德国《明镜周刊》封面。
2005年，巩俐首次演出好莱坞电影，一部描述日本艺伎的电影《艺伎回忆录》，该片获得美国《时代周刊》“年度十大佳片”第九名，第78届奥斯卡金像奖最佳艺术指导、最佳摄影、最佳服装设计等三项大奖等等。巩俐凭借片中艺伎馆的当红头牌初桃一角也获得了第39届美国国家评论协会奖最佳女配角、美国《首映》杂志2005年度“最佳表演24强”之最佳女配角第3名等奖项。
2006年，巩俐一共有三部大片在全球范围内上映，其中与张艺谋再次携手，与周润发、周杰伦合作的古装宫廷情感电影《满城尽带黄金甲》被美国《时代》周刊评选为2006年全球十大最佳电影，巩俐在片中饰演隐忍大气的皇后，并凭借该角色获得第26届香港电影金像奖最佳女主角、第12届香港电影金紫荆奖最佳女主角、第13届香港电影评论学会奖最佳女主角、美国《时代》评选的“年度最伟大表演”第7名、《华盛顿邮报》评选的世界5位最佳电影表演者第二名等众多奖项。同年，巩俐在迈克尔·曼中的商业电影《迈阿密风云》中饰演一位古巴女毒枭，该片上映后获得北美电影票房榜周末冠军；此外她还上榜美国《时代周刊》60年亚洲英雄。