1912年8月25日，同盟会联合其他四个政团组成国民党，孙中山在湖广会馆主持国民党成立大会，他出席并 与阎锡山、张继、李烈钧等一起被推举为参议，兼任汉口交通部部长，负责两湖及陕西三省党务。10月回鄂，设立汉口交通部各级机构。他赞成革命派宋教仁的政治主张，认为这样就可以限制袁世凯的权力，避免出现独裁政权。12月，主办《民心报》， “扬孙黄，抑袁黎” ，与《中华民国公报》相对抗。
1913年2月，奉宋教仁之命，蒋翊武也前往上海、武汉一带游说，争取人民对国民党的支持。游历长江上下游各埠，与新选议员磋商建国大计。3月20日，宋教仁在上海被袁世凯派人刺死，蒋翊武感到靠议会和政党内阁是不能阻止袁世凯独裁统治的。从上海赶回湖北，拥护孙中山武力讨袁主张，旋回湖南。7月，国民党发动了二次革命。7月25日，湖南宣布独立，蒋翊武被任命为鄂豫招抚使，派往岳阳布置军队，欲取荆襄，捣武汉，进窥河南。湖南都督谭延闿虽然也加入了国民党，但并不真正反袁；虽然宣布独立，却没有在军事上积极准备。江苏、江西等地的讨袁军遭受失败后，8月6日，遭袁世凯通缉，湖南于8月12日宣布取消独立。蒋翊武回到长沙，事情已无可挽回，只好与其他革命党人逃离湖南。别人都经汉口乘舟沿长江东下，蒋翊武觉得汉口太危险，那里认识他的人太多，于是决定改道广西去香港。
被捕被杀
1913年8月29日，南行至广西全州所属兴安县唐家冲，为驻军统领秦步衢的部下所捕，由全州押解至桂林。秦电告广西都督陆荣廷，陆致电袁世凯和黎元洪促袁速杀蒋以绝后患。9月1日，翊武被押至桂林。在狱中，翊武历数袁世凯罪恶，并作遗书数千言，先传至黄贞元，再传至其夫人。9月9日4时，翊武被押至丽泽门外刑场，着绸衫裤，向围观群众讲演革命大义，坐红毯从容就义，时年28岁。
1916年，归葬长沙岳麓山。1921年12月，孙中山出师桂林，专程来到丽泽门外凭吊蒋翊武，下令修建纪念碑，并亲笔题写了“开国元勋蒋翊武先生就义处”。
个人作品
1913年临刑前，蒋翊武写了四首绝命诗（也有说其实合为一首）。
当年豪气今何在？如此江山怒不平。
嗟我寂冤终无了，空留弩剑作寒鸣。
只知离乱逢真友，谁识他乡是故乡？
从此情丝牵未断，忍余红泪对残阳。
痛我当年何昧昧？只知相友不相知；
而今相识有如此，满载仁声长相思。
斩断尘根感晚秋，中原无主倍增愁！
是谁支得江山住？只有余哀逐水流。
主要贡献
蒋翊武是文学社的创始人和领袖。
蒋翊武为中国民主革命作出了很大的贡献。他坚持舆论造势，积极宣扬民主革命的思想，曾先后参与或主办过《竞业旬报》、《商务报》、《大江报》、《民心报》等，反映出强烈的民主革命思想，借公开鼓吹“大乱”，大掀革命狂澜；他积极运动新军，走武装夺取政权的道路，他在主持振武学社和文学社时，便把运动新军作为主要工作，为民主革命高潮的到来积蓄力量，作好充分的组织准备；他寻求联合壮大革命同盟，始终把寻求革命团体的联合作为壮大革命队伍，取得革命成功的必要途径；他紧紧追随孙中山，誓死捍卫民主共和，始终以推翻满清建立民国为宗旨，奉孙中山三民主义相号召。
后世纪念
蒋翊武墓
蒋翊武墓，位于长沙市岳麓山半山亭上方、麓山寺正门下约20米处。1916年9月，护国战争胜利后，蒋翊武的遗骸自桂林归葬长沙岳麓山，湘人为他营建汉白玉墓塔，墓区为一空旷平地，占地约400平方米。墓冢居中，花岗石砌平台四级，上方有方形顶碑塔，高约4米，花岗石琢成，中嵌汉白玉墓碑，高2米，宽0.7米，碑心朝东，楷书“蒋公翊武之墓”六字。墓前有片石山道导入，墓后青松赤枫。是湖南省文物保护单位。
蒋翊武碑
1913年2月，奉宋教仁之命，蒋翊武也前往上海、武汉一带游说，争取人民对国民党的支持。游历长江上下游各埠，与新选议员磋商建国大计。3月20日，宋教仁在上海被袁世凯派人刺死，蒋翊武感到靠议会和政党内阁是不能阻止袁世凯独裁统治的。从上海赶回湖北，拥护孙中山武力讨袁主张，旋回湖南。7月，国民党发动了二次革命。7月25日，湖南宣布独立，蒋翊武被任命为鄂豫招抚使，派往岳阳布置军队，欲取荆襄，捣武汉，进窥河南。湖南都督谭延闿虽然也加入了国民党，但并不真正反袁；虽然宣布独立，却没有在军事上积极准备。江苏、江西等地的讨袁军遭受失败后，8月6日，遭袁世凯通缉，湖南于8月12日宣布取消独立。蒋翊武回到长沙，事情已无可挽回，只好与其他革命党人逃离湖南。别人都经汉口乘舟沿长江东下，蒋翊武觉得汉口太危险，那里认识他的人太多，于是决定改道广西去香港。
被捕被杀
1913年8月29日，南行至广西全州所属兴安县唐家冲，为驻军统领秦步衢的部下所捕，由全州押解至桂林。秦电告广西都督陆荣廷，陆致电袁世凯和黎元洪促袁速杀蒋以绝后患。