反对独裁
1912年2月后，袁世凯窃取了中华民国临时大总统一职。袁世凯使用了调虎离山计，于6月间电邀蒋翊武去北京当临时大总统府高等军事顾问。临行前，蒋翊武召开了文学社的最后一次社员大会，在蒋翊武的倡导下，会上一致决定全体加入革命政党――中国同盟会。蒋翊武在北京是闲职，他对袁世凯采取了不合作态度，袁世凯授予他勋二位，又授予陆军中将，加上将衔，他一概婉辞不受。
1912年8月25日，同盟会联合其他四个政团组成国民党，孙中山在湖广会馆主持国民党成立大会，他出席并 与阎锡山、张继、李烈钧等一起被推举为参议，兼任汉口交通部部长，负责两湖及陕西三省党务。10月回鄂，设立汉口交通部各级机构。他赞成革命派宋教仁的政治主张，认为这样就可以限制袁世凯的权力，避免出现独裁政权。12月，主办《民心报》， “扬孙黄，抑袁黎” ，与《中华民国公报》相对抗。
反对独裁
1912年2月后，袁世凯窃取了中华民国临时大总统一职。袁世凯使用了调虎离山计，于6月间电邀蒋翊武去北京当临时大总统府高等军事顾问。临行前，蒋翊武召开了文学社的最后一次社员大会，在蒋翊武的倡导下，会上一致决定全体加入革命政党――中国同盟会。蒋翊武在北京是闲职，他对袁世凯采取了不合作态度，袁世凯授予他勋二位，又授予陆军中将，加上将衔，他一概婉辞不受。 1912年8月25日，同盟会联合其他四个政团组成国民党，孙中山在湖广会馆主持国民党成立大会，他出席并 与阎锡山、张继、李烈钧等一起被推举为参议，兼任汉口交通部部长，负责两湖及陕西三省党务。10月回鄂，设立汉口交通部各级机构。他赞成革命派宋教仁的政治主张，认为这样就可以限制袁世凯的权力，避免出现独裁政权。12月，主办《民心报》， “扬孙黄，抑袁黎” ，与《中华民国公报》相对抗。
由于受到帝国主义、封建主义的强大压力与革命党本身的涣散无力，孙中山被迫在清帝退位后，于1912年2月13日辞去临时大总统职，让位于袁世凯，4月1日正式解职。此后一年多，孙中山积极宣传民生主义，号召实行平均地权，提倡兴办实业;还亲自担任了全国铁路督办，力图筹借外资修筑铁路干线。
但因政权落在袁世凯手中，孙中山的努力并未取得成果。1912年8月，同盟会改组成国民党，孙中山被推举为理事长。1913年3月，袁世凯刺杀国民党代理理事长宋教仁，孙中山主张武力讨袁。7月发动二次革命，失败后再度出亡日本。
1914年6月，孙中山在东京组织中华革命党，希望恢复和发扬同盟会的精神。袁世凯复辟帝制失败，孙中山于1915年5月初回到国内，继续为捍卫共和制度而斗争。旋又返日，10月25日在东京与宋庆龄结婚。1917年7月，因段祺瑞为首领的北洋军阀解散国会和废弃《临时约法》，孙中山联合西南军阀，在广州建立军政府，被推举为大元帅，进行护法战争。
但孙中山在军政府内备受军阀、政客的排挤，不得不于1918年5月辞去大元帅职务，经日本赴上海。第一次护法战争的失败使孙中山认识到南北军阀都是一丘之貉。从1918～1920年，孙中山完成过去已着手撰写的《建国方略》，对以往的革命经验进行总结，提出了改造和建设中国的宏伟计划。
接受共产国际和中国共产党的帮助
1917年俄国十月革命胜利，孙中山于1918年夏致电列宁和苏维埃政府祝贺俄国革命的伟大胜利。1919年的五四运动，给予孙中山以很大的鼓舞，他高度评价和支持学生运动。孙中山从1920年开始与苏俄人士接触，1921年12月在桂林会见共产国际代表马林，讨论建立革命党和革命武装问题。1922年4月，又在广州与苏俄的全权代表会见，从幻想向帝国主义寻求援助转而希望联俄。
1919年8月，孙中山委派胡汉民、朱执信、廖仲恺等人在上海创办《建设》杂志，大力宣传民主革命理论。10月，宣布中华革命党改组为中国国民党。1920年8月，孙中山指示驻闽粤军回师广东，驱逐了桂系军阀。11月，孙中山回到广州，重举护法旗帜。
1921年5月，在广州就任非常国会推举的非常大总统，接着出师广西，消灭了桂系军阀陆荣廷的势力，准备以两广为根据地北伐。掌握广东军队统率权的陈炯明，于1922年6月发动叛乱。孙中山脱险后率海军反击叛军，奋斗50余日，因待援无望，被迫离开广州赴上海。